Con el objetivo de atender necesidades sociales y de desarrollo de manera específica, la PUCMM cuenta con los siguientes centros especializados de investigación.
- Centro de Investigación de Biología Molecular Dr. Salomón Jorge
- Centro de Investigación en Educación y Desarrollo Humano (CIEDHUMANO)
- Centro Universitario de Estudios Políticos y Sociales (CUEPS)
- Centro de Estudios Urbanos y Regionales (CEUR)
- Centro de Estudios Económicos y Sociales Padre José Luis Alemán
- Centro de Estudios Caribeños
- Centro de Estudios Europeos
- Consorcio de Educación Cívica